Catalog of TAXREF-LD datasets
Catalogue des jeux de données TAXREF-LD
TAXREF: Taxonomic register for flora and fauna of mainland France and overseas territories
TAXREF : Référentiel taxonomique pour la flore et la faune de France métropolitaine et outre-mer
TAXREF est le référentiel taxonomique national pour la faune, la flore et la fonge de France métropolitaine et d’outre-mer, élaboré et diffusé par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN). TAXREF est téléchargeable depuis le site Web du MNHN. TAXREF-LD, la représentation Linked Data de TAXREF, est une initiative conjointe du MNHN et du laboratoire I3S (Université Côte d'Azur, CNRS, Inria).
TAXREF is the national taxonomical register for fauna and flora in mainland France and overseas territories, produced by the French National Museum of Natural History (MNHN). TAXREF is downloadable from the MNHN Web site and can be queriesd through a Web service. TAXREF-LD, the Linked Data representation of TAXREF, is a joint initiative of MNHN and the I3S laboratory (Université Côte d'Azur, CNRS, Inria).
Representation of the TAXREF taxonomic register as linked data. This resource is at the same time an ontology of classes depicting the taxa and a thesaurus (SKOS concept scheme) of the scientific names attached to the taxa.
Représentation du référentiel taxonomique TAXREF comme un jeu de données liées. Cette ressource est à la fois une ontologies des classes représentant les taxons, et un thésaurus (SKOS concept scheme) des noms scientifiques désignant ces taxons.
Franck Michel, Olivier Gargominy, Sandrine Tercerie, Catherine Faron Zucker. A Model to Represent Nomenclatural and Taxonomic Information as Linked Data. Application to the French Taxonomic Register, TAXREF. In Proceedings of the 2nd International Workshop on Semantics for Biodiversity (S4Biodiv) co-located with ISWC 2017, Oct 2017, Vienna, Austria. CEUR Vol. 1933, pp.1-12, 2017
Distribution of TAXREF-LD as an archive of RDF Turtle files
SPARQL endpoint serving the TAXREF-LD Knowledge Graph
French National Inventory of Natural Heritage
Inventaire National du Patrimoine Naturel
National Museum of Natural History of Paris
Implementation of the xR2RML mapping language
Transformation of the JSON version of TAXREF, obtained from the web service, into RDF using the Morph-xR2RML mapping pocessing engine
Translation of Relational and Non-Relational Databases into RDF with xR2RML
Franck Michel, Loïc Djimenou, Catherine Faron Zucker, Johan Montagnat. Translation of Relational and Non-Relational Databases into RDF with xR2RML. Proceedings of the WebIST'15 Conference, 2015, Lisbon, Portugal. pp.443-454
A Model to Represent Nomenclatural and Taxonomic Information as Linked Data. Application to the French Taxonomic Register, TAXREF
TAXREF v15, référentiel taxonomique pour la France : méthodologie, mise en œuvre et diffusion
Gargominy O., Tercerie S., Régnier C., Ramage T., Dupont P., Daszkiewicz P. & Poncet L. (2021). TAXREF v15, référentiel taxonomique pour la France : méthodologie, mise en œuvre et diffusion. Muséum national d’Histoire naturelle, Paris
AGROVOC Multilingual agricultural thesaurus
NCBI Organismal Classification
World Register of Marine Species
Class of habitats
Class of types of habitat (subclass of skos:Concept)
Collection of habitat concepts
Marine habitat
Milieu marin
Species living exclusively in marine habitat
Espèces vivant uniquement en milieu marin
Freshwater
Eau douce
Species living exclusively in freshwater
Espèces vivant uniquement en eau douce
Brackish water
Eau saumâtre
Species living exclusively in brackish water
Espèces vivant uniquement en eau saumâtre
Terrestrial
Terrestre
Species living exclusively in terrestrial habitat
Espèces vivant uniquement en milieu terrestre
Collection of biological stages
Adult
Adulte
Polyp
Polype
Medusa
Méduse
Ephyra
Juvenile
Juvénile
Manca
Egg
Œuf
Larva
Larve
Nauplius
Planula
Postlarva
Post-larve
Spat
Au nid
Subadult
Subadulte
Zoea
Megalopa
Hydroid
Hydroïde
Cypris
Hatchling
Nouveau-né
Copepodite I
Copepodite II
Copepodite III
Copepodite IV
Copepodite V
Copepodite VI
Gametophyte
Sporophyte
Macrothallus
Microthallus
1-year old
De l'année
Fetus
Foetus
male oganisms
oganismes mâles
female oganisms
oganismes femelles
Collection of interaction specificities
Mandatory
Obligatoire
The interaction is mandatory for the survival of the individual
L'interaction est obligatoire à la survie de l'individu
Principal
Principale
A principal interaction is not mandatory, it can be remplaced by an optional interaction with another species
Une interaction principale n'est pas obligatoire, elle peut être remplacée par une autre interaction occasionelle avec une autre espèce
Regular
Régulière
The interaction is regularly observed
L'interaction est régulièrement observée
Optional
Facultative
An optional interaction is not mandatory for the survival of the individual
Une interaction facultative n'est pas obligatoire à la survie de l'individu
Sporadic
occasionnelle / exceptionnelle
The interaction is observed sporadically
L'interaction est observée de manière occasionnelle/exceptionnelle
Maritime area
Maritime area different from seas, oceans, territorial waters and EEZ.
A maritime area, generally surrounding a landmass, that does not correspond to any specific sea or ocean, nor to any internationally recognized administrative subdivision (i.e. territorial waters or EEZ)
has taxonomic rank
Relates a scientific name or a taxon to a taxonimical rank
This property is not equivalent to http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonConcept#rank nor http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonName#rank whose domains are http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonConcept#TaxonConcept and http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonName#TaxonName respectively, whereas we want to use taxrefprop:hasRank with taxa implemented as owl:Class's as well as scientific names implemented as instances of skos:Concept.
This property is not equivalent to dwc:taxonRank which is expected to be used only with literal values (see http://rs.tdwg.org/dwc/terms/guides/rdf/index.htm, section 3.5)
has reference name
Relates a taxon to its reference (valid) scientific name
DwC's scientificName property is recommended to be used with a literal object, and does not distinguish between reference vs. synonym names. Hence, TAXREF-LD extends it (rdfs:subPropertyOf) instead of asserting an equivalence.
has synonym
Relates a taxon to one of its synonyms
DwC's scientificName property is recommended to be used with a literal object, and does not distinguish between reference vs. synonym names. Hence, in TAXREF-LD, we extend it with rdfs:subPropertyOf instead of asserting an equivalence.
has vernacular name
Relates a taxon to one of its vernacular (common) names
has extended vernacular name
Relates a taxon to one of its vernacular (common) names in the form of a SKOS extended label
This property was initially defined as a subPropertyOf skosxl:altLabel. However skosxl:altLabel is an owl:ObjectProperty and thus cannot apply to a class. Therefore, we instead define it a an owl:AnnotationProperty whose range is a skosxl:Label
has habitat
Relates a taxon to an habitat in which it lives
has status
Relates a taxon to one of its biogeographical, red list or legal statuses.
has trophic level
Relates a taxon to its tophic level
has scientific name authority
Provides the authorship information of a scientific name
TDWG ontology's property http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonName#authorship is preferably associated with a scientific name (http://rs.tdwg.org/ontology/voc/TaxonName#TaxonName), which is in line with TAXREF-LD's modelling. By contrast, DwC's scientificNameAuthorship property is associated with a taxon (dwc:Taxon), and its object shoud be a literal (DwC does not have a class for taxon names). Therefore, TAXREF-LD's hasAuthority property is not equivalent to the latter.
is the reference name of
Relates a scientific name to the taxon for which it is the reference (valid) name
is a synonym of
Relates a scientific name to a taxon for which it is a synonym
status value
Relates a taxon status with the actual status value
status type
Relates a taxon status with the type of status which is a narrower concept of taxrefstatus:TaxonStatusType
has sex
Gives the sex of a biologic individual (member of a taxon class)
has biological stage
Gives the biological stage of a biologic individual (member of a taxon class)
has a specificity
Specificity of the interaction
has biogeograpical status
(deprecated). Relates a taxon to a biogeograpical status within a certain region. As of TAXREF v12, this property should no longer be used. Instead use class taxrefstatus:BioGeographicalStatus
Biogeographical, conservation or legal status of a taxon
Relates a biogeographical, conservation or legal status of a taxon with the geographical location where this status is valid and the bibliographic source that assigned this status to that taxon
IUCN Red List status of a taxon in a geographical area, according to a bibliographic source
Biogeographical status of a taxon in a geographical area, according to a bibliographic source
The biogeographical status of a taxon with the geographical area where this status applies and the bibliographic source that assigned this status to that taxon
Status of a taxon attested by a legal document
To be used jointly with http://taxref.mnhn.fr/lod/status/TaxonStatusType whose narrower concepts represent directives, conventions, regulations or protections
Top concept for types of taxon statuses
International Convention
Convention internationale
European Directive
Directive européenne
Regulation
Règlementation
Protection
Probably extinct regionaly
Probablement disparue au niveau régional
Taxon is not extinct worldwide but may be extinct in a specific region
Extinct regionaly and possibly extinct worldwide
Disparue au niveau régional mais on ne sait pas si elle est éteinte au niveau mondial
Taxon is certainly disappeared regionally and possibly extinct worldwide
Not applicable
Non applicable
Taxon was introduced artificially in a region. Red list status does not apply in that case.
Class of biogeographical status values
Class of biogeographical status values (subclass of skos:Concept)
Collection of biogeographical status values
présent (indigène ou indéterminé)
present
Taxon présent dans la zone géographique considérée, i.e. taxon indigène ou taxon dont on ne sait pas s’il appartient à l'une des autres catégories. Le défaut de connaissance profite donc à l’indigénat. Par indigène on entend : taxon qui est issu de la zone géographique considérée et qui s’y est naturellement développé sans contribution humaine, ou taxon qui est arrivé là sans intervention humaine (intentionnelle ou non) à partir d’une zone dans laquelle il est indigène 6 . (NB : exclus les hybrides dont l’un des parents au moins est introduit dans la zone considérée). Sont regroupés sous ce statut tous les taxons catégorisés natif ou autochtone. Les taxons hivernant quelques mois de l’année entrent dans cette catégorie.
occasionnel
occasional
Taxon occasionnel, non nicheur, accidentel dans la zone géographique considérée (par exemple migrateur de passage).
endémique
endemic
Taxon naturellement restreint à la zone géographique considérée.
subendémique
subendemic
Taxon naturellement restreint à une zone un peu plus grande que la zone géographique considérée mais dont les principales populations se situent dans la zone géographique considérée. Pour l’Outre-mer, on applique ce statut à l’endémisme régional : pour la Guyane française = endémique du plateau des Guyanes ; pour les Antilles françaises = endémique des petites Antilles ; pour Mayotte = endémique des Comores ; pour la Réunion = endémique des Mascareignes ; pour les TAAF = endémique de la South Indian Ocean Province.
cryptogène
cryptogenic
Taxon dont l’aire d’origine est inconnue et dont on ne peut donc pas dire s’il est indigène ou introduit
Introduit
Introduced
Taxon introduit (établi ou possiblement établi) dans la zone géographique considérée. Par introduit on entend : taxon dont la présence dans la zone géographique considérée est due à une intervention humaine, intentionnelle ou non, ou taxon qui est arrivé dans la zone sans intervention humaine mais à partir d’une zone dans laquelle il est introduit. Par établi (terme pour la faune, = naturalisé pour la flore) on entend : taxon introduit qui forme des populations viables (se reproduisant) et durables qui se maintiennent dans le milieu naturel sans besoin d’intervention humaine. Sont regroupés sous ce statut tous les taxons catégorisés non-indigène, exotique, exogène, allogène, allochtone, non-natif, naturalisé (en anglais : alien) dans une publication scientifique.
introduit envahissant
introduced invasive
Taxon introduit dans la zone géographique considérée, qui produit des descendants fertiles souvent en grand nombre, et qui a le potentiel pour s’étendre de façon exponentielle sur une grande aire, augmentant ainsi rapidement son aire de répartition 6 . Cela induit souvent des conséquences écologiques, économiques ou sanitaires négatives (IUCN, 2000). Sont regroupés sous ce statut tous les taxons catégorisés introduite envahissante, exotique envahissant ou invasif (invasive en anglais) dans une publication scientifique.
introduit non établi (dont domestique)
introduced casual
Taxon introduit qui peut occasionnellement se reproduire en dehors de son aire de culture ou de captivité, mais qui ne peut se maintenir à l’état sauvage car ne pouvant former de populations viables sans intervention humaine, et qui dépend donc d’introductions répétées pour se maintenir dans la nature. Sont regroupés sous ce statut tous les taxons catégorisés introduit occasionnel, subspontané, échappé de culture ou de captivité (en anglais : casual alien)). Ce statut inclut les taxons strictement domestiques (faune) ou uniquement cultivés (flore).
douteux
doubtful
Taxon dont la présence dans la zone géographique considérée n’est pas avérée (en attente de confirmation).
absent
Taxon non présent dans la zone géographique considérée.
disparu
disappeared
Taxon qui n’est plus présent à l’état sauvage dans la zone géographique considérée mais qui n’est pas globalement éteint. Rq : en cas de doute sur la présence ancienne ou non du taxon à l’état sauvage, utiliser le statut absent (A).
éteint
extinct
Taxon globalement éteint (= ayant totalement disparu de la surface du globe terrestre).
introduit éteint/disparu
introduced extinct/disappeared
Taxon introduit par le passé mais aujourd’hui disparu de la zone géographique considérée (W) ou éteint (X).
endémique éteint
endemic extinct
Taxon endémique et aujourd’hui disparu, donc globalement éteint (X).
mentionné par erreur
reported in error
Taxon mentionné par erreur comme présent sur le territoire considéré.
Class of taxonomical ranks
Class of taxonomical ranks, subclass of skos:Concept
Collection of taxonomical ranks
Domain
Super-kingdom
Kingdom
Sub-kingdom
Infra-kingdom
Phylum
Sub-phylum
Infra-phylum
Division
Sub-division
Super-class
Cladus
Class
Sub-class
Infra-class
Legio
Super-order
Cohort
Order
Sub-order
Infra-order
Super-family
Family
Sub-family
Tribe
Sub-tribe
Genus
Sub-genus
Section
Sub-section
Series
Sub-series
Agregate
Species
Semi-species
Micro-species
Sub-species
Natio
Varietas
Sub-varietas
Forma
Sub-forma
Forma species
Linea
Clone
Race
Cultivar
Morpha
Abberatio
Collection of trophic levels
Unknown
Inconnu
We don't know the species trophic level
On ne connait pas le niveau trophique de l'espèce
Autotroph
Producteur primaire
An organism which is capable of incorporating abiogenic (inorganic) carbon into its biomass
Organisme capable d'incorporer du carbone abiogène (inorganique) dans sa biomasse
Chemoautotroph
Chemoautotrophe
An autotroph which is capable of obtaining energy from the bonds in a chemical compound
Autotrophe capable d'obtenir de l'énergie à partir des liaisons d'un composé chimique
Photoautotroph
Photoautotrophe
An autotroph which is capable of transforming light into chemical energy
Un autotrophe capable de transformer la lumière en énergie chimique
Heterotroph
Hétérotrophe
An organism that obtains carbon for growth and development by metabolizing biogenic organic compounds derived from living or dead material
Organisme qui obtient du carbone pour sa croissance et son développement en métabolisant des composés organiques biogènes dérivés de matières vivantes ou mortes
Herbivore
Consommateur d’autotrophes
A heterotroph which consumes plants or macroalgae via ingestion through a type of 'mouth'. Plant or algal matter is broken down through an internal digestion process
Un hétérotrophe qui consomme des plantes ou des macroalgues par ingestion par une sorte de 'bouche'. La matière végétale ou algale est décomposée par un processus de digestion interne
Graminivore
An herbivore that primarily consumes grasses
Un herbivore qui consomme principalement des graminées
Folivore
An herbivore that primarily consumes leaves
Un herbivore qui consomme principalement des feuilles
Rhizovore
An herbivore that primarily consumes roots
Un herbivore qui consomme principalement des racines
Algivore
An herbivore that primarily consumes algae
Un herbivore qui consomme principalement des algues
Frugivore
An herbivore that primarily consumes fruits or fruit-like vegetables
Un herbivore qui consomme principalement des fruits ou des légumes ressemblant à des fruits
Granivore
An herbivore that primarily consumes seeds
Un herbivore qui consomme principalement des graines
Xylophage
An herbivore that primarily consumes wood
Un herbivore qui consomme principalement d'aubier'
Florivore
An herbivore that primarily consumes flowers
Un herbivore qui consomme principalement des fleurs
Palynivore
An herbivore that primarily consumes pollen
Un herbivore qui consomme principalement du pollen
Nectarivore
An herbivore that primarily consumes nectar
Un herbivore qui consomme principalement du nectar de plantes
Decomposer
Décomposeur
Organism that breaks down dead or decaying organisms
Organisme qui décompose les organismes morts ou en décomposition
Saprotroph
Saprophage
A decomposer that obtains nutrition through extracellular digestion of decaying organic matter
Un décomposeur qui obtient la nutrition par digestion extracellulaire de la matière organique en décomposition
Saproxylotroph
Saproxylophage
Coprophage
A decomposer which obtains nutrition by consuming feces
Un décomposeur qui se nourrit en consommant des matières fécales
Detritivore
A decomposer which obtains nutrition by consuming detritus
Un décomposeur qui se nourrit en consommant des détritus
Carnivore
Consommateur d’hétérotrophes
A heterotroph that consumes animals in whole or in part via ingestion through a type of 'mouth'. Animal matter is broken down through an internal digestion process.
Un hétérotrophe qui consomme des animaux en tout ou en partie par ingestion par une sorte de 'bouche'. La matière animale est décomposée par un processus de digestion interne.
Predator
Prédateur
A carnivore that actively captures and consumes other animals, causing their immediate or imminent death
Un carnivore qui capture et consomme activement d'autres animaux, causant leur mort immédiate ou imminente
Scavenger
Nécrophage / Charognard
A carnivore that feeds on dead and decaying animal matter
Un carnivore qui se nourrit de matières animales mortes et en décomposition
Fungivore
Mycétophage
A heterotroph which consumes fungi
Un hétérotrophe qui consomme des champignons
Xylofungivore
Xylomycétophage
IUCN French Regional Red List (Wikidata)
administrative territorial entity of France (Wikidata)
Amphibian Species of the World ID (Wikidata)
Cockroach Species File Online ID (Wikidata)
Coreoidea Species File Online ID (Wikidata)
Global Invasive Species Database ID (Wikidata)
Mammal Species of the World ID (Wikidata)
Mantodea Species File Online ID (Wikidata)
Orthoptera Species File Online ID (Wikidata)
Phasmida Species File Online ID (Wikidata)
Systematic Catalog of Culicidae ID (Wikidata)
The Global Lepidoptera Names Index ID (Wikidata)
World Checklist of Selected Plant Families ID (Wikidata)
International Committee on Taxonomy of Viruses ID (Wikidata)